„Интелигентни системи в биоинформатиката: намиране на съответствия между и обединяване на анатомични онтологии



Дата06.08.2017
Размер49.58 Kb.
#27394
С Т А Н О В И Щ Е

относно дисертационен труд

за придобиване на образователна и научна степен „Доктор”

в област на висше образование 4. Природни науки, математика и информатика,

професионално направление: 4.6 Информатика и компютърни науки,

научна специалност: 01.02.12 – Информатика

Автор: Петър Ангелов Петров
Тема: „Интелигентни системи в биоинформатиката: намиране на съответствия между и обединяване на анатомични онтологии”
Научен ръководител: доц. д-р Антоний Попов
Изготвил становището: проф. д-р Боян Бончев

Със Заповед на Ректора на Софийския университет "Св. Климент Охридски" (Заповед № РД 38-27/10.01.2013г.) съм определен за член на научното жури по процедурата за защита на дисертационния труд на тема „Интелигентни системи в биоинформатиката: намиране на съответствия между и обединяване на анатомични онтологии” за придобиване на образователната и научна степен „Доктор” в област на висше образование: „4. Природни науки. Математика и информатика”, професионално направление: „4.6. Информатика и компютърни науки” (Биомедицинска информатика), специалност 01.01.12 „Информатика”, от Петър Ангелов Петров – редовен докторант при ФМИ-СУ с научен ръководител доц. д-р Антоний Попов. Като член на научното жури съм получил всички необходими документи по защитата на дисертационния труд в електронен вид и мога да потвърдя, че те отговарят на съответните закон и правилници за условията и реда за придобиване на научни степени и заемане на академични длъжности.



Разработеният от Петър Ангелов Петров дисертационен труд е в една от актуалните и междудисциплинарни научни области от развитието на информатиката през последните десетилетия – тази на интелигентните системи в биоинформатиката. Специфичният научен проблем, предмет на този труд, е автоматизираното намиране на съответствия между анатомични онтологии и обединяването на такива онтологии – както на анатомичните понятия, така и на релациите от отделните входни онтологии. Проблемът е актуален, значим, специфичен и най-вече сложен, тъй като обединяването трябва да бъде адекватно както от анатомична, така и от биологична и еволюционна гледна точка. От друга страна, валидирането на установените междуонтологични връзки и на създадената анатомична супер-онтология не става автоматично, а от специалисти в областта на биологията и анатомията. За решаването на този проблем авторът разработва метод и алгоритъм за намиране на съответствия между анатомични онтологии и за обединяването им (формулирано в дисертацията като цел 1), които реализира под формата на интелигентна софтуерна програма за полуавтоматизирано обединяване на две и повече анатомични онтологии, извършвано от специалисти в областта (цел 2). Тези две основни цели на дисертационния труд са постигнати чрез изпълнението на пет ясно дефинирани задачи, които очертават приносите на труда и могат да бъдат обобщени така:

  1. дефиниране на формална постановка на задачата и формализация на използваните начални онтологии и избраните за целта външни източници на знания (UMLS, FMA, WordNet);

  2. разработване на взаимно допълващи се аналитични модели за намиране на съответствия между анатомични онтологии и за обединяването им, и оттам на алгоритми за създаване на синонимни анатомични речници за двете входни онтологии, намиране на съответствия между тях посредством установяване на семантични релации между дефинираните понятия, и обединяването им в една интегрирана изходна супер-онтология;

  3. проектиране и имплементация на софтуерна система, която реализира разработените алгоритми и включва модул за четене на входните онтологии на езика ОВО (OBOParser.NET), модул за комуникация с използваните три външни източника на знания (DataAccess), модул за работа с графи (Graph.NET), модул за визуализиране на входните онтологии и на семантичните връзки, установени между тях (GraphVisualizer.NET), модул за редактиране и коригиране на конкретните предложения за потенциални семантични връзки между понятията от двете входни онтологии, и накрая експортиращ модул на получената супер-онтология в OBO формат;

  4. опитно тестване на системата при намирането на съответствия между анатомичните онтологии на три двойки организми (мишка, риба Данио и жаба) и при тяхното обединяване по двойки, и анализ на получените резултати.

Може определено да се каже, че авторът е постигнал набелязаните в началото на труда цели. Разработеното интегрирано софтуерно решение за полуавтоматично откриване на съответствия между и обединяване на анатомични онтологии (озаглавено Anatomical Ontologies Merger, или AnatOM) изпълнява трите алгоритмични процедури DM (търсене на директни съвпадения), SMP (намиране на съвпадения на базата на външните източници на знания), и CMP (намиране на съвпадения на базата на преките наследници на възлите в онтологиите) и така извършва откриване на междуонтологични синонимни релации и междуонтологични релации от типа is_a и part_of. Резултатите от опитното тестване на системата са получени от ръчно редактиране на намерените съответствия между анатомичните онтологии на три двойки огранизми (мишка, риба Данио и жаба) и тяхното обединяване, извършено от експерт по анатомия. Анализът на резултатите за трите процедури (DM, SMP и СMP) показва много високи проценти за напълно точни предсказания за наличие на релация между два термина от двете входни онтологии и правилно предсказан тип на релацията (is_a, part_of или synonymy), с изключение на релациите, предсказани с използване само на процедурата CMP, или от нея и потвърдени от една от другите две процедури.

Работата е оформена много грижливо и прецизно, с общ обем от 182 страници и голям брой литературни източници (98). Цитираните 4 на брой авторски публикации по темата на дисертацията са в две научни списания и в сборниците на две международни конференции. Отделно от тях авторът цитира други свои публикации и доклади на научни форуми, които имат отношение по темата. Почти всички са от 2012г., което обяснява липсата на установени към момента цитирания на автора.

Нямам забележки към оформлението на дисертационния труд и на автореферата. Като забележка към съдържанието му бих искал да посоча взаимозаменяемото използване на понятията "ребро" и "дъга" в контекста на насочени графи, както и определянето на структурната релация между понятия в онтология от тип част-от-цяло (part_of) като релация от тип родител-дете (каквато е type_of).

Към дисертанта бих отправил и следните въпроси:



  1. Кое би гарантирало ацикличността на онтологичния граф при използване на предложения метод за откриване на съответствия между онтологии и обединяването им при наличие на повече типове релации, напр. като „екземпляр на“, „зависи от“ и др.?

  2. Доколко са изчерпателни резултатите от изпълнението на трите процедури DM, SMP и СMP – заедно и поотделно?

  3. Как би могло да бъде намален процентът на напълно неточните предсказания от самостоятелното използване на процедурата СМР, достигащ до приблизително 22%?

ЗАКЛЮЧЕНИЕ.

Оценката ми за дисертационния труд, автореферата, научните публикации и приносите на дисертацията на Петър Ангелов Петров е положителна.

Представеният дисертационен труд отговаря на изискванията на ЗРАСРБ, Правилника за прилагане на ЗРАСРБ и Правилника за развитие на академичния състав на СУ ”Св. Кл. Охридски”. Постигнатите високи резултати ми дават основание да предложа на уважаемото научно жури да бъде присъдена образователната и научна степен „Доктор” на Петър Ангелов Петров в област на висше образование: 4. Природни науки, математика и информатика, професионално направление: 4.6 Информатика и компютърни науки, научна специалност: 01.02.12 – Информатика.

20.03.2013г. Подпис: ..............................................

София / проф. д-р Боян Бончев /




Каталог: index.php -> bul -> content -> download
download -> Литература на народите на Европа, Азия, Африка, Америка и Австралия
download -> Дипломна работа за придобиване на образователно-квалификационна степен " "
download -> Рентгенографски и други изследвания на полиестери, техни смеси и желатин’’ за получаване на научната степен „Доктор на науките”
download -> Св. Климент Охридски
download -> Акад. Илчо иванов димитров (1931 – 2002) фонд 20 опис 1
download -> Азбучен списък на преподавателите
download -> Климент охридски” университетски архив
download -> График за провеждане на семтемврийската (поправителна) изпитна сесия на магистърска програма „политическа социология учебна 2014/2015 г. Поправителна сесия от 24 август до 11 септември 2015 г
download -> Обявява прием на студенти


Сподели с приятели:




©obuch.info 2024
отнасят до администрацията

    Начална страница