Library – Supercomputers at Work

Суперкомпютрите в науката, високите технологии и практиката

В библиотеката са включени учебни курсове по :

• 
  Въведение в био информатиката;
  
• 
  Молекулярна динамика;
  
• 
  Квантова механика с приложение в молекулярната динамика (Carl Parrinello Molecular Dynamics и Density-Functional Theory);
  
• 
  Ab initio молекулярна механика;
  
• 
  Молекулярна динамика и квантова механика за моделиране на материалите на атомно ниво, включително на нано структурaта на метални сплави (LAMMPS, Materials Science ReaxFF Force Fields);
  
• 
  Структурна био информатика;
  
• 
  Предсказване на 3D структурата на протеините (Rosetta 3, CASP 7 и други методи и алгоритми);
  
• 
  Лекции по виртуален скрининг и структурно базирано проектиране на лекарства;
  
• 
  In silico проектиране на лекарства;
  
• 
  Динамиката на микро флуидни течения (включително моделиране на MEMS);
  
• 
  Динамика на флуидите, оптимизация на топлопренасянето, топлобмена и охлаждането в енергийните котли и ядрени реактори, моделиране нас процеса на изгаряне на прахообразно горивото (турбулентни потоци) в котлите на топлоцентралите, проектиране на детайли и възли на машини за енергетиката (пакети програми Saturne, Syrthes, Neptune и Salome на Électricité de France, MIRANDA на LLNL и Direct Numerical Simulation на Sandia);
  
• 
  Моделиране на разпространението на сеизмични вълни, тяхното въздействие върху различни обекти и оценка на сеизмичния риск ( описание на пакетите програми SPECFEM3D на Caltech (USA) и l’Université de Pau (France), Seissol на Ludwig-Maximilians-University, Munich и Mka3D на Commissariat à l’Energie Atomique и публикации за резултатите от използването им )
  

В библиотеката ще намерите много статии, в които са публикувани конкретни резултати от използването на суперкомпютрите в различни области на науката и практиката. Те са събрани в разделите Blue Gene P, Supercomputing Applications , Supercomputing Simulations Examples, Supercomputing TeraTec, Parallel Simulations of Extremely Large Computers, Argonne National Laboratory Applications и Julich Supercomputing Centre .

На структурата, архитектурата и организацията на различни модели суперкомпютри и на комуникационните мрежи за връзка между десетки и стотици хиляди процесори са посветени разделите Supercomputer и Switches and Networks.

Интересни статии по приложение на молекулярната динамика, молекулярното моделиране, ab initio, de novo and in silico проектиране на лекарства, моделиране на взаимодействията между биомолекулите, в геномиката и протеомиката ще намерите в Molecular dynamics and Quantum Mechanics. GROMACS Groningen Machine for Chemical Simulations, GROMACS Groningen Workshop 2009, GROMACS Workshop Stanford 2008, GROMACS Lectures Video, NAMD LAMMPS molecular dynamics, Molecular dynamics Blue Matter Blue Gene, CP2K Tutorial – Quantum and Molecular Dynamics, DOCK 6.2 Biomolecule and Ligand Docking, Autodock 4 biomolecule and ligand docking, Harvard protemics, Protein structure prediction and protein folding, Genetics Processing, Genetics Site Transcription, Genetics Gen Net, Genetics Transcription Regulation и други.