МОЛЕКУЛЯРНО-БИОЛОГИЧЕН АНАЛИЗ НА СУРОВИНИ И ХРАНИ
Доказване на ДНК от хранителни продукти, дрожди, E.coli или човек
чрез PCR и гел-електрофореза
в Молекулярно-биологична лаборатория
Дата: 25.10.2013 г
Доказване на екстрахирана ДНК;
Източник на ДНК:
Хранителен продукт или суровина (раздробени зърно, месо, ядки)
E. coli щам от национална микробиологична сбирка
Saccharomyces (Дрожди) от търговска мая за хляб
Епителни клетки от устна кухина на човек
Клетъчна суспензия
От всеки от източниците на ДНК се взема проба чрез стерилен памучен тампон. С тампона се обтрива изследваната повърхност, като целта е да се получи максимално количество от клетъчната проба. В микро епруветка от 1,5 ml тип Епендорф се поставя 0,5 ml екстрахиращ разтвор. Епруветката се надписва с номер и дата. Тампона се потапя до дъното на епруветката и се въртеливи движения се размива пробата в разтвора. Получава се мътнина от разтворените клетки, което е изходната клетъчна суспензия.
Екстрахиращия разтвор съдържа 15% SDS, Tris-HCL, NaOH, дестилирана вода.
Проби, номерация и изследващ студент
|
проба
|
Лаб. номер
|
Име Фамилия
|
Концентрация на ДНК, ng/ml
|
Чистота на ДНК
|
1
|
Еп.клетки
|
1
|
Лора Кръстева
|
|
|
2
|
Еп.клетки
|
2
|
Моника Димитрова
|
|
|
3
|
Дрожди
|
3
|
Джейлян Белче
|
|
|
4
|
Е.coli
|
4
|
Александър Коджаманов
|
|
|
5
|
Е.coli
|
5
|
Елена Стоянова
|
|
|
6
|
|
|
|
|
|
7
|
|
|
|
|
|
8
|
|
|
|
|
|
9
|
|
|
|
|
|
10
|
|
|
|
|
|
11
|
|
|
|
|
|
12
|
|
|
|
|
|
13
|
|
|
|
|
|
14
|
|
|
|
|
|
Протокол (метод) за екстрахиране на ДНК
Клетъчната суспензия в микроепруветките се използва за Екстрахиране на ДНК по следния метод:
-
поставяне на микроепруветките в ямките на плуващ статив
-
поставяне на статива на кипяща водна баня за 15 минути за клетъчен лизис
-
центофугиране при 14 000 rpm-1 за 10 минути за утаяване на клетъчните стени и други частици
-
от супернатанта съдържаща разтворената ДНК се прехвърлят 100 μl в микро епруветка от 200μl тип Епендорф
Доказване на изолираната ДНК чрез гел електрофореза
-
Приготвяне на агарозен гел с концентрация 1% и добавка на ДНК оцветител (етидиев бромид)
-
Сглобяване на камерата за изливане на гел-форма с 16 ямки
-
Изливане на гел-формата и охлаждане за 30 минути
-
Заливане на формата с буферен разтвор за електрофореза
-
Поставяне на 10 μl от екстрахираната ДНК с GelLoading разтвор във всяка от 16-те ямки на гела
-
Настройване на апарата за екелтрофореза90V, 90A за 30 минути
-
Включване на апарата и провеждане на изследването
-
Фотоснимка на ДНК при UV-светлина в камера за видим образ
Провеждане на PCR и доказване на амплификата (намножената ДНК)
-
отделяне само на епруветките с положителни резултати за ДНК
-
приготвяне на реактив “PCR-mix” в 16 обема (всеки по 2μl) в обща микро епруветка от 1,5 ml тип Епендорф.
1xPCRbuffer, 1.5 mM MgCl2; 200 μM от всеки dNTP, 0.5 μM от всеки праймер; 2.0 U Taq polymerase
-
нареждане на 16 микроепруветки от 200 μl тип Епендорф на микростатив
-
добавяне на 1 μl отДНК екстракта към всеки обем в отделна епруветка
-
поставяне на всички микроепруветки в PCR апарат (термосайклър)
-
програмиране на PCR апарата за ампилификация при следните условия:
94°С 94°С 60°С 72°С 72°С 4°С
3` 1` 1.5` 1.5` 7` ∞
-
след края на програмата се провежда гел-електрофореза в 1,5% агарозен гел, при 120V, 90A за 40 минути.
Резултати:
-
снимка на гел с ДНК при UV-светлина
-
маркировка на всяка ямка в гела
-
отчитане големината на ДНК фрагмента (амплификата)
-
написване на лабораторен протокол с резултатите
Резултати от ДНК екстракция и гел-електрофореза
от модулна група А (25. October. 2012)
Легенда:
М – маркер ледер 100 bp.
1 – Л. Кръстева - епит. кл.
2 – М. Димитрова - епит. кл
3 – Д. Белче - дрожди
4 – А. Коджаманов – Е.coli
5 – Е. Стоянова - Е.coli
6 – Ю. Кунева - епит. кл.
7 – М. Каттос - Е.coli
8 - Н. Дурхан - дрожди
9 – Д. Сотирова - Е.coli
10 – Д. Василева - епит. кл.
11 – Д. Даскалова - епит. кл.
12 – Ганчо Чаков - епит . кл.
При всички проби се отчита наличие на екстрахирана ДНК. Маркерната рулетка (М) е с големина по-малка от тази на екстрахираната ДНК от пробите.
Сподели с приятели: |