Република България като държава-членка на Европейския съюз прилага изцяло директно приложимото европейско митническо законодателство, което наброява повече от 780 регламента в различни области на митническото право.
След присъединяването администрацията бе изправена пред изпълнението на нови сериозни задачи и отговорности. Те са свързани, от една страна, с осигуряването на приходи не само за държавния бюджет на страната, но и за бюджета на Европейския съюз, а от друга страна продължават усилията за поддържане на баланса между осигуряването на ускорено движение на търговските потоци, чрез подкрепа на икономическите оператори и същевременно защита на интересите на Общността и нейните граждани от нарушения. Основните рискове при събиране на бюджетните приходи бяха обусловени от радикалната промяна на икономическото пространство и от въвеждането на нови фискални режими и процедури.
От 1 януари 2007 г. Агенция “Митници” събира приходите от ДДС и от мита от внос на стоки само от трети страни, тъй като след присъединяването на България към Европейския съюз вносът от държавите-членки се трансформира във вътреобщностно придобиване, което не се контролира от митническата администрация. Цялостното администриране на акциза, включително при сделки със държави-членки на ЕС се осъществява от митническата администрация.
През 2008 г. една от основните задачи на митническата администрация бе ефективното прилагане на законодателството, процедурите и инструментите за митнически контрол на Европейския съюз. Условие за постигането на тази цел е засилването на митническия контрол по отношение на елементите за облагане – тарифно класиране, произход, митническа стойност. В тази връзка са:
съгласувани 209 бр. експертизи, впоследствие на което е изготвено становище за промяна на тарифния номер;
издадени 137 бр. информации за тарифно класиране на фирми;
издадени 86 бр. обвързващи тарифни информации;
съгласувани 45 бр. въпроси, свързани с тарифно класиране, тарифни мерки и тяхното интегриране в TARIC-BG и BIMIS;
обработени заявки за тарифни квоти 4318 бр.;
изготвени 6 бр. административни указания с цел унифицирано прилагане на законодателството в областта на тарифното класиране и прилагане на тарифни преференции;
изготвени 51 бр. становища по митническа стойност;
извършени 4760 бр. последващи проверки, отправени към и по искане на чужди митнически администрации;
издадени 8 бр. разрешения за одобрени износители;
изготвени 32 бр. становища за произход на стоките по национални, общностни и международни актове;
изготвени 177 бр. отговори на запитвания от търговските оператори или от митниците по отношение на прилагането на правилата за произход;
във връзка с администрирането на преференциалните тарифни квоти от Европейската комисия е осъществена постоянна дейност по следене правилното функциониране на националната система TQS5 и за проблеми, възникнали при обмена на данни с Комисията и с локалните мрежи;
изготвени 97 бр. становища по привилегировани операции;
анализирани разпоредбите на националното законодателство и международните споразумения, въвеждащи митнически освобождавания, с оглед преодоляване на противоречието с изискванията на Регламент (ЕИО) № 918/1983. В тази връзка е създадена междуведомствена работна група под ръководството на заместник министър на финансите с участието на заинтересованите институции, които следва да предложат изменения в нормите;
изготвени указания за митническото оформяне на стоки и администрирането на митническото задължение при прилагане на международни договори, предвиждащи освобождаване от заплащане на държавни вземания при едновременно допускане за свободно обращение и крайна употреба;
През отчетния период продължи работата по осигуряване прилагането от митническата администрация на нормативната база в съответствие с практиката на държавите-членки. В тази връзка бяха реализирани дейности в следните области
През 2008 година продължава прилагането на нетарифни мерки, произтичащи от законодателството на ЕС за защита живота и здравето на хората, защита живота и здравето на животните и растенията, опазването на Общностното и национално културно-историческо наследство, опазването на околната среда, безопасността на стоките, мерките по надзора на пазара и др. Изготвени са 16 бр. указания за прилагане изискванията на законодателството при вноса и износа на стоки, както и 168 бр. становища по проекти на нормативни документи и отговори на въпроси по прилагането на нетарифните мерки. Изготвени и в сила са:
Инструкция за взаимодействие между Агенция „Митници” и органите на Държавния здравен контрол по отношение проверките за съответствие с правилата за безопасност на стоките, внасяни от трети страни;
Инструкция за взаимодействие между Агенция „Митници” и Комисията за защита на потребителите при осъществяването на контрол за съответствие с изискванията за безопасност на стоките, внасяни от трети страни;
Инструкция за взаимодействие между Изпълнителната агенция по лозата и виното към министъра на земеделието и храните и Агенция „Митници” за повишаване ефективността на контрола върху производството, вноса и износа на грозде, вино и продукти от грозде и вино;
Споразумение за сътрудничество с Министерство на културата и Агенция „Митници” за повишаване ефективността на контрола при износ на паметници на културата и съблюдаване забраната за внос и износ на културно наследство на Ирак и други предмети с археологическа, историческа, културна, научна и религиозна дейност;
Споразумение за взаимодействие между Министерство на земеделието и храните и Агенция „Митници” при извършване на проверки за съответствие с пазарните стандарти, приложими за пресните плодове и зеленчуци;
