Основни теми:
-
Компютърно-подпомогнат лекарствен дизайн (CADD): въведение
-
Лекарството като продукт; основни моменти в развитието на представите за лекарственото действие; основни етапи в разработването на лекарството; принцип на комплементарност; основни групи методи; ограничения в използването на CADD.
-
Лиганд-рецепторни взаимодействия. Термодинамични аспекти, основни видове лиганд-рецепторни взаимодействия.
-
Молекулно моделиране (пре-QSAR). Генериране на 3D структури, молекулни повърхности, картиране на повърхностни потенциали и свойства. Молекулна механика – основни понятия; силови полета, методи на оптимизация.
-
QSAR анализ (част 1): SAR и QSAR; класически QSAR – основни компоненти. Биологична активност; описатели на химична структура. Електронни параметри; уравнение на Хамет, квантово-химични параметри. Стерични константи, описатели на липофилност; топологични индекси, индикаторни променливи, отпечатъци (fingerprints).
-
Многовариационни статистически модели: множествена линейна регресия, анализ на главни компоненти, метод на частично най-малките квадрати и др.
-
QSAR анализ (част 2): Анализи на Хенч и Фри-Уилсън; правила за добър QSAR.
-
3D QSAR анализи: сравнителен анализ на молекулни полета (CoMFA); сравнителен анализ на индекси на молекулно подобие (CoMSIA); съпоставяне на двата метода.
-
Фармакофорен анализ; фармакофорно картиране и фармакофорно моделиране. Приложения и програми.
-
Структура-базиран лекарствен дизайн – докинг и виртуален скрининг.
Препоръчителна литература:
1. Series Methods and Principles in Medicinal Chemistry, Mannhold, R, H. Kubinyi, H. Timmerman (Eds.)1999-2012, John Wiley and Sons, Inc.
http://onlinelibrary.wiley.com/bookseries/10.1002/SERIES6138
QSAR: Hansch Analysis and Related Approaches
Chemometric Methods in Molecular Design
Advanced Computer-Assisted Techniques in Drug Discovery, Second Edition
Molecular Modeling: Basic Principles and Applications
Molecular Descriptors for Chemoinformatics: Volume I: Alphabetical Listing / Volume II: Appendices, References
Virtual Screening: Principles, Challenges, and Practical Guidelines
2. 3D QSAR in drug design. Theory methods and applications, Kubinyi, H. (Ed.), Springer, 1998, pp. 368.
3. H.-J. Böhm, G. Klebe, H. Kubinyi. Wirkstoffdesign. Spektrum Akademischer Verlag, 2002, pp. 599.
Сподели с приятели: |