Патентният спор, т е. съдебният спор за откритието на компютъра, бележи голяма част от живота на Джон Атанасов

В началото на 1966 г. експертът по патентни дела Чарлз Кейл е запитан от своя патрон Денис Алегрети дали би бил заинтересуван да се заеме със сложно дело, което може да отнеме десетина години от адвокатската му кариера. Клиент е електронният гигант "Хъниуел", въвлечен в съдебен спор с друг гигант от бранша – "Спери Ранд".

След създаването на ENIAC Мокли и Екърт подават множество заявки за патенти, отнасящи се до основните елементи и схемни решения в компютърната техника. Патентите, които, след дългогодишно умишлено забавяне, влизат в сила на 4 февруари 1964 г., са продадени на "Илинойс Сайнтифик Дивелопмент", подделение на "Спери Ренд". Кейл е запознат с предишна патентна битка между "Спери Ранд" и "Бел Телефон Лаборъториз", която последната губи поради липса на достатъчни доказателства за "предишно публично използване" на идеите на ENIAC, както гласи решението на съдията Арчи Доусън от 1962 г. Предвид това решение шансовете за успех на "Хониуел" изглеждат малки, но адвокатите на фирмата твърдят, че са намерили нови доказателства, които атакуват патентите на ЕNIAC, и амбициозният Кейл се съгласява да поеме делото. Започва къртовска работа с внимателно препрочитане на цялата история на компютърната техника от края на Втората световна война. Единствените атаки срещу първенството на Мокли и Екърт идват от колеги, работили заедно с тях при създаването на ENIAC в Университета на Пенсилвания, но и те нямат достатъчна доказателствена тежест. Едва в хода на адвокатското разследване Исак Ауербах си припомня как Мокли, след посещението си при Атанасов в Айова, изведнъж променил изцяло вижданията се по проблема за изчислителните машини. Най-после щастието се усмихва на адвокатите на "Хъниуел". Джон Атанасов става главния свидетел по делото. Неговата отлично подредена документация удостоверява всяка отделна стъпка в развитието на епохалното изобретение и помага на адвоката Хенри Халадей да спечели делото, което Алегрети и Кейл му поверяват.

Процесът между "Спери Ранд" и "Хъниуел" се превръща в истински "Компютъргейт": съдебните прения заемат 135 работни дни, материалите по следствието обхващат 20 667 машинописни страници, разпитани са 77 свидетели. И накрая, на 19 октомври 1973 г. Федералният съд излиза с решение, което разрушава мита, че първата електронна изчислителна машина е създадена от Джон У. Мокли и Джон П. Екърт. Съдебното решение обявява патента за ENIAC за невалиден и установява, че Мокли и Екърт са заимствали основните принципи на изобретението от Джон Атанасов. Няколкостотинте страници на решението разкриват и други закононарушения на заявителите на патента.