Списък на пакетите приложни програми и програмни библиотеки

За година и половина бяха подбрани, адаптирани и инсталирани на Blue Gene/P пакетите програми и библиотеки, , които осигуряват ефективното му използване в следните области :

– генетика, молекулярна биология, биохимия, биофизика, квантова химия, протеомика ( включително предсказване на тримерната структура на белтъците), изчисляване на мутиралата структура на белтъка в резултат на мутации на ДНК, моделиране на взаимодействието между протеините, протеини –антитела и протеини-антитела-антигени, динамиката и изучаване на механизмите и откриване на зоните на свързване на свързването на био молекулите с ДНК, РНК и рецепторите на клетките;

- молекулярна медицина, биохимия, фармация и дизайн на лекарства;

-химия на полимерите и науката за материалите, в частност използването на модели в процеса на подбора на структурата и методите за синтез на композитни и керамични материали, метални сплави , метало оксни структури, нано клъстери, катализатори, порести материали с предварително зададени свойства и други ;

- за решаване на много големи математически задачи ( например , линейни алгебрични системи с няколко милиарда коефициенти), решаване на системи частни диференциални уравнения с използване на метода на крайните елементи, автоматизирано проектиране на тримерни конструкции, включително черупки, възли, агрегати и целим машини, изчисляване на разпределението на силите и моментите , оценка на претоварването и идентификация на началните зони на разрушаване в статичен и динамичен режим с приложение при проектирането на автомобили, летящи тела, корита и конструкции на кораби, на големи съоръжения, подложени на много силен натиск като язовирни стени, диги, защитни съоръжения срещу свлачища и други подобни;

- изчислителна динамика на флуидите и модели на турбулентните течения, моделиране на движението на течности в микро структури като основен метод за проектирането на микро и нано машините;

- моделиране на разпространението на сеизмичните вълни, оценка на разрушителното въздействие на ударната вълна върху сгради, пътна инфраструктура, язовирни стени, диги, защитни съоръжения срещу свлачища и други обекти и оценка на сеизмическия риск;

-оценка на ефективността на охлаждането, определяне на зоните на прегряване и термично и хидро – динамично разрушение на съоръженията на големи енергийни обекти като ядрени реактори и енергийни котли на газ или въглища, оптимизация на процеса на изгаряне на въглища в котлите на електроцентралите, проектиране на детайли и възли за енергийни обекти с оценка на тяхната устойчивост на разрушение при екстремални и аварийни режими;

- паралелно програмиране за мулти процесорни системи, паралелни операционни системи , езици за паралелно програмиране и много други.

Пакетите програми могат да се обединят в следните групи

1. 
   Молекулярна динамика и квантова механика с приложение в молекулярната биология , биохимията, класическа и молекулярна медицината, компютърно подпомагане на синтеза на лекарства, ,проектиране на нано структури и нано технологии за тяхното производство, проектиране на микро и нано машини, подпомагане на синтеза на органични и неорганични материали със зададени свойства и други подобни.
   

Всички пакети за молекулярна динамика и квантова химия плюс

2. Loop Modeling

3. Fixed Backbone Design

4. Docking

5. Rosetta RNA

1. RNA Structure Modeling Applications

2. RNA Design Applications

6. Scoring Application

7. Relax Application

8. Ligand Docking Application

9. Protein-Protein Docking

10-Protein- Antibody Interaction

11.Protein-DNA complecs

12. Cluster Application

13. Idealization Application

14. Backrub Application

15. Silent File Tools

16. Dock Design Parser Application

17. Membrane ab initio Application

18. Enforcing symmetry

19. Scenarios - minor applications targeted at specific problems

1. FloppyTail Application

2. Loops-from-Density Application

3. CA-to-allatom Application

20. Enzyme Design Application

21. ddG Prediction Application

Инсталирана е на клъстера на Института по информационни и комуникационни технологии, БАН

Останалите пакети програми са модифицирани и пригодени за работа на суперкомпютърния комплекс или на свързаните с него клъстери от д-р. Пейчо Петков и проф. Стоян Марков.

-LAPACK

София