Списък на пакетите приложни програми и програмни библиотеки



Дата29.09.2016
Размер48.9 Kb.
Списък на пакетите приложни програми и програмни библиотеки.

За година и половина бяха подбрани, адаптирани и инсталирани на Blue Gene/P пакетите програми и библиотеки, , които осигуряват ефективното му използване в следните области :

– генетика, молекулярна биология, биохимия, биофизика, квантова химия, протеомика ( включително предсказване на тримерната структура на белтъците), изчисляване на мутиралата структура на белтъка в резултат на мутации на ДНК, моделиране на взаимодействието между протеините, протеини –антитела и протеини-антитела-антигени, динамиката и изучаване на механизмите и откриване на зоните на свързване на свързването на био молекулите с ДНК, РНК и рецепторите на клетките;

- молекулярна медицина, биохимия, фармация и дизайн на лекарства;

-химия на полимерите и науката за материалите, в частност използването на модели в процеса на подбора на структурата и методите за синтез на композитни и керамични материали, метални сплави , метало оксни структури, нано клъстери, катализатори, порести материали с предварително зададени свойства и други ;

- за решаване на много големи математически задачи ( например , линейни алгебрични системи с няколко милиарда коефициенти), решаване на системи частни диференциални уравнения с използване на метода на крайните елементи, автоматизирано проектиране на тримерни конструкции, включително черупки, възли, агрегати и целим машини, изчисляване на разпределението на силите и моментите , оценка на претоварването и идентификация на началните зони на разрушаване в статичен и динамичен режим с приложение при проектирането на автомобили, летящи тела, корита и конструкции на кораби, на големи съоръжения, подложени на много силен натиск като язовирни стени, диги, защитни съоръжения срещу свлачища и други подобни;

- изчислителна динамика на флуидите и модели на турбулентните течения, моделиране на движението на течности в микро структури като основен метод за проектирането на микро и нано машините;

- моделиране на разпространението на сеизмичните вълни, оценка на разрушителното въздействие на ударната вълна върху сгради, пътна инфраструктура, язовирни стени, диги, защитни съоръжения срещу свлачища и други обекти и оценка на сеизмическия риск;

-оценка на ефективността на охлаждането, определяне на зоните на прегряване и термично и хидро – динамично разрушение на съоръженията на големи енергийни обекти като ядрени реактори и енергийни котли на газ или въглища, оптимизация на процеса на изгаряне на въглища в котлите на електроцентралите, проектиране на детайли и възли за енергийни обекти с оценка на тяхната устойчивост на разрушение при екстремални и аварийни режими;

- паралелно програмиране за мулти процесорни системи, паралелни операционни системи , езици за паралелно програмиране и много други.

Пакетите програми могат да се обединят в следните групи


  1. Молекулярна динамика и квантова механика с приложение в молекулярната биология , биохимията, класическа и молекулярна медицината, компютърно подпомагане на синтеза на лекарства, ,проектиране на нано структури и нано технологии за тяхното производство, проектиране на микро и нано машини, подпомагане на синтеза на органични и неорганични материали със зададени свойства и други подобни.

Молекулярна динамика
1.GROMACS 4.0.5 (Groningen Machine for Chemical Simulations).
2.NAMD 2.7b2(NAnoscale Molecular Dynamics )
3.LAMMPS 05012010(Large scale Atomic / Molecular Massively Parallel Simulator)
4. DL POLY ( Daresbury Laboratory Molecular Dynamics)
5.MMFF94(Combined protein-ligand force field calculations
Квантова и изчислителна химия

6.CPMD 3.13.2 (Car-Parrinello Molecular Dynamics).
7.CP2K ( Cp2k BERLIOS Collaboration и Jülich Forschung Centrum molecular dynamics and quantum chemistry )


7.NWChem (Northwest Chemistry Laboratory computational chemistry )

8. Quantum Espresso ( DEMOCRITOS National Simulation Center of CNR-INFM, CINECA National Supercomputing Center in Bologna; Department of Materials Science and Engineering, Massachusetts Institute of Technology; Department of Chemistry, Princeton University, Princeton ; Minnesota Supercomputing Institute for Advanced Computational Research, USA; Institut de Minèralogie et de Physique des Milieux Condensès, Universitè Pierre et Marie Curie,France; Computational Science, Department of Chemistry and Applied Biosciences, ETH Zurich; Institut Romand de Recherche Numèrique en Physique des Matèriaux (IRRMA),Lausanne, Switzerland  Theoretische Physik, Universität Paderborn, Germany – Quantum Chemistry)

9.GAMESS( Mark Gordon's Quantum Theory Group, Ames Laboratory/Iowa State University)
10.DALTON (Dipartimento di Chimica ,Università degli Studi di Ferrara – Quantum Chemistry)

11.Qbox ( University of California, San Francisco- Quantum Chemistry)

B. Виртуално проектиране на кандидати за лекарства ( In silico drug design )

Всички пакети за молекулярна динамика и квантова химия плюс


12.DOCK 6.4 ( University of California, San Francisco,Pharmaceutical Chemistry Department)

C. Предсказване на тримерната структура на протеините и моделиране на свързването на протеините .
13. ROSETTA 3.1 and ROSETTA 2.3 (High - Resolution Protein Structure Prediction Codes, Hughes Institute, University of Washington)

The Components
1. Structure Prediction

2. Loop Modeling

3. Fixed Backbone Design

4. Docking

5. Rosetta RNA

1. RNA Structure Modeling Applications

2. RNA Design Applications

6. Scoring Application

7. Relax Application

8. Ligand Docking Application

9. Protein-Protein Docking

10-Protein- Antibody Interaction

11.Protein-DNA complecs

12. Cluster Application

13. Idealization Application

14. Backrub Application

15. Silent File Tools

16. Dock Design Parser Application

17. Membrane ab initio Application

18. Enforcing symmetry

19. Scenarios - minor applications targeted at specific problems

1. FloppyTail Application

2. Loops-from-Density Application

3. CA-to-allatom Application

20. Enzyme Design Application

21. ddG Prediction Application



D. Сеизмичен анализ
15.SPECFEM3D (Computational Infrastructure for Geodynamics,

California Institute of Technology и University of Pau ( France )

Seismic Wave Propagation)
F. Динамика на флуидите, термодинамични и хидро динамични натоварвания в енергийни съоръжения с голяма мощност. Всички пакети програми са разработени от Électricité de France (EDF)
16.Computational Fluid Dynamics code Saturne/ Syrthes1.3.2
17.Aster (Structural mechanics code)
18.Code Salome ( CAD-CAE Platform)
19.Salomé-Meca platform (Thermal-mechanics – комплексна термо механична симулация)

PLANETICS ( Neutronics Platforms )комплект от данни, визуализация и оценка на радиоактивното натоварване и разрушаване на материалите.

J. Мулти физически модели
20.ELMER (CSC, Finnish IT Center for Science)

Инсталирана е на клъстера на Института по информационни и комуникационни технологии, БАН


Пакетите програми Saturne/Sythtes, Aster, Salome, Salome-MECA на Électricité de France (EDF), SPECFEM3D GLOBE и на SPECFEM3D BASIN са инсталирани на Blue Gene/P и проверени от д-р. Валентин Павлов. По молба на изследователския екип на японската фирма Murata на Blue Gene/P бе инсталиран пакета Vienna ab initio simulation package (VASP).

Останалите пакети програми са модифицирани и пригодени за работа на суперкомпютърния комплекс или на свързаните с него клъстери от д-р. Пейчо Петков и проф. Стоян Марков.


Библиотеки програми

-PETCs

-ParMETIS

-LAPACK



-ScalaBLAST

-mpiBLAST

-MUMS

-SuperLU

-FFTW

-HYPRE

-Trilinos

-ParFE

-GotoBLAS

София


10.11.2010г.


База данных защищена авторским правом ©obuch.info 2016
отнасят до администрацията

    Начална страница