На схемите по-долу са показани основни типа реакции, касаещи метаболизма. Идентифицирайте реакциите като определите от кой тип са:
1. окислително-редукционни
2. лигазни (разкъсване под действие на АТФ)
3. присъединяване/елиминиране на функционални групи
4. Трансферазни
5. хидролизни
6. изомеризационни
На схемите по-долу са показани основни типа реакции, касаещи метаболизма. Идентифицирайте реакциите като определите от кой тип са:
1. окислително-редукционни
2. лигазни (разкъсване под действие на АТФ)
3. присъединяване/елиминиране на функционални групи
4. Трансферазни
5. хидролизни
6. изомеризационни
На схемите по-долу са показани основни типа реакции, касаещи метаболизма. Идентифицирайте реакциите като определите от кой тип са:
1. окислително-редукционни
2. лигазни (разкъсване под действие на АТФ)
3. присъединяване/елиминиране на функционални групи
4. Трансферазни
5. хидролизни
6. изомеризационни
РНК транскрипт от участъка на G4 phage DNA съдържа секвенция 5′-AAAUGAGGA-3′. Тази последователност кодира аминокиселини от три различни полипептидни вериги. Предвид приложената таблица за генетичните кодове, определете кои са тези кодирани аминокиселини.
Триптофанил-тРНК синтетаза катализира аминоацилирането на тРНК, вземайки антикодон за L-триптофан, но не и на D-триптофан, нито пък за друга аминокиселина в процеса на биосинтез на белтъка. На коя от следните ензимни характеристики се дължи това според вас?
Запишете реакцията, протичаща между пиридоксал (витамин В6) в реакция на дезаминиране на аминокиселината серин. Определете ролята на витамина в тази реакция.
Глюкозо-6-фосфат се образува от глюкоза с помощта на АТР.
А) Изчислете ΔG за тази реакция, като използвате следната информация:
Г) Въз основа на ΔG определете каква е реакцията – спонтанна или не.
Въз основа на активните участъци на цистеин протеаза, аспартил протеаза и металопротеаза, коя от тях очаквате да образува интермедиат, свързан с ковалентна връзка?
Каква е абсорбцията на 37mM разтвор на аминокиселината тирозин (ε =1420 Lmol-1cm-1), ако сте използвали кювета с дебелина 1 cm?
Каква е нуклеотидната секвенция на участък от ДНК, която води до
получаване на CUA кодон за левцин?
Коя/и аминокиселини могат да бъдат превърнати в друга/и аминокиселина/и чрез мека хидролиза, реакция съпроводена с отделяне на амоняк?
Фосфатидилсерин (фосфосерин) се получава след ензимна хидролиза на млечният протеин казеин. Обяснете защо се получава това съединение, при условие че това не е една от 20-те аминокиселини.
Пептид е хидролизиран и съставните му аминокиселини са анализирани. Хидролизата показала наличието на триптофан и съдържанието на триптофан е установено спектрофотометрично. Установете емпиричната формула на пептида, знаейки следната информация:
Може ли с наличната информация да определим и аминокиселинната последователност?
Повечето ензими показват зависимост от рН, а оптималното рН за различните ензими е различно. Каква аминокиселина очаквате да има в активния участък на ензима, ако неговото рН е:
А) рН 4
Б) рН 11
Изолирана (+) нишка от ДНК, която има композиция на базите: 10% А, 20% G, 30% C, 40% T, e репликирана от E.coli ДНК полимераза в комплементарна (-) нишка. Двойно-спиралната ДНК след това е използвана като модел за E.coli РНК полимераза, която транскрибира (-) нишка.
Определете композицията на базите в новообразуваната нишка в %.
Времето, необходимо за пълен синтез на E.coli геном е 40 минути. Въпреки това, обаче, се установило че тази бактерия се нуждае от 20 минути, за да продуцира ново поколение. Как си обяснявате този парадокс?
За следният участък от мРНК определете:
А) секвенцията на аминокиселините, които се кодират от 5’ към 3’ края.
Б) Намерили сте мутация, която се състои от добавени или премахнати нуклеотиди. Определете каква би била пептидната секвенция, ако добавите G между трети и четвърти нуклеотид и елиминирате 10-ти нуклеотид отдясно.
Разтвор на двойно-верижна ДНК е нагрят и след това охладен до стайна температура за 2 минути. Определете, вариацията на абсорбцията при 260 nm при следните условия:
А) разтворът е нагрят при температура малко над температурата на топене и след това охладен
Б) разтворът е нагрят много над температурата на топене и след това охладен
В) предложете структура на двете полинуклеотидни вериги (какви бази би имала ДНК), ако графиката представлява пълна противоположност на Б)
За всяка двойка аминокиселини, изброени по-долу, начертайте структурите на двете аминокиселини с взаимодействието на страничните вериги и избройте най-силния тип взаимодействие, което може да възникне между групите на страничните вериги. За останалите двойки просто избройте най-силния тип взаимодействие, което се случва между групите на страничните вериги. Изберете от ковалентни връзки, водородни връзки, йонни връзки или взаимодействия на ван дер Ваал.
тирозин, серин
цистеин, цистеин
изолевцин, валин
глутаминова киселина, лизин
глицин, глутамин
Анализирайки разликите между гъби, устойчиви на лекарства, и гъбички, чувствителни към лекарството, сте открили протеин, който съществува само в гъбичките, устойчиви на лекарства. Нарекли сте протеина Resist и сте намерили субстрати, които се надявате да се свържат с него.
Дайте име за най-силното междумолекулно взаимодействие между субстрат 1, както е показано, и страничните вериги от следващи аминокиселини върху протеина Resist. Изберете от йонна връзка, ковалентна връзка, водородна връзка и ван дер Ваалсови сили.