Всички документи на Комисията се оформят, регистрират, съхраняват и архивират в нейното деловодство. Документи на Комисията са законовите и подзаконови актове, уреждащи институциите и, определящи стратегиите и политиките в сферата на националната сигурност, входящите и изходящи документи и материали, вътрешните документи на ДАНС и ДКСИ и стенограмите от нейните заседания.
Становищата по проектите за закони, решения и позиции на Народното събрание на Комисията са публични освен, ако тя не реши да ги закрие. Останалите документи и материали на комисията са държавна тайна по смисъла на чл. 25 от ЗЗКИ, Приложение 1, раздел ІІ, т. 3-11.
Комисията може, на основание чл. 40 от ПОДНС, да предложи на председателя на Народното събрание становищата й да бъдат изслушвани на закрити пленарни заседания.
Всеки член има еднакво право на достъп до всички документи на Комисията. При работа с документи, съдържащи класифицирана информация, той е задължен да спазва изискванията на Закона за защита на класифицираната информация (ЗЗКИ). В случай, че наруши изискванията на закона, Комисията предлага на Народното събрание да бъде изваден от нейния състав и сезира главния прокурор на Р. България.
Членовете на Комисията не се проучват за надеждност във връзка с достъпа им до класифицирана информация. Те получават достъп до всички нива на класифицирана информация за и на ДАНС и ДКСИ. Правото за достъп се счита от момента на избирането им в състава на Комисията и е валидно за срока на заемане на длъжността им.
Преди заседанията на Комисията членовете й се проверяват от звената за сигурност и охрана в Народното събрание. Членовете на Комисията не могат да присъстват в помещенията за работа с класифицирана информация с комуникационни средства, средства за запис и фотографиране. Преди влизането в работните помещения те са задължени да оставят тези техни средства, за съхранение отвън. Средствата се приемат с подпис от упълномощено от председателя лице. Председателстващият е задължен да не допуска на заседание член на Комисията, който не изпълни горепосоченото изискване.
Членовете на Комисията се запознават с материали, съдържащи класифицирана информация само в работни помещения, които отговарят на съответните мерки на защита. Тези помещения са: регистратурата за съхранение и обработка на класифицираната информация на Народно събрание; работно помещение, определено от председателя; и, залата за заседания на Комисията. Членовете на Комисията са длъжни да спазват изискванията за работа с класифицирана информация.
Документите, съдържащи класифицирана информация се регистрират, съхраняват, архивират и унищожават в специализираната регистратура за съхранение и обработка на класифицираната информация на Народното събрание.
Документите, съдържащи класифицирана информация се размножават за нуждите на членовете на Комисията само с писмено разрешение на нейния председател.
Протоколите от заседанията на Комисията се маркират с гриф за сигурност от председателя на комисията съобразно разпоредбите на закона. Начинът и редът за маркиране на информацията на Комисията се определя от правилника за прилагане на ЗККИ. Съхраняването на класифицираната информация на Комисията става според чл. 33 на ЗЗКИ.
Председателят на Комисията за контрол на Държавна агенция “Национална сигурност” огласява пред медиите като становища на Комисията само писмено приети от членовете й текстове.
