М е ж д и н е н о т ч е т за работата по проект Д03-100/05. 06. 2015 г

1. 
   Билборд
   

2. 
   Уебсайт
   

1. 
   програмния оператор
   
2. 
   ползвателите на гранта и контактното лице
   
3. 
   размера на финансиране с ясно указание за механизма на спонсориране
   
4. 
   предвидените активности по изпълнение на проекта от ЕЕА Програмата,
   
5. 
   сътрудничеството с колектива от държавата донор, информация за планираната работа на български млад учен в Норвежката лаборатория
   
6. 
   ролята на държавата донор в изпълнението на проекта
   

3. 
   Управление на проекта
   

4. 
   Научна дейност
   

За анализ на археалното биоразнообразие бяха избрани извори с различен геотермален произход и различни свойства на водата, предполагащи различие на археалните видове, които ги обитават, а именно Власа и Мизинка, Велинград и Сапарева баня. Командировката до Велинград беше осъществена на 5-6.10.2015, а до Сапарева баня – на 31.10-1.11.2015 г. По един литър от пробите беше предаден за анализ химичния състав на водата, един от факторите, определящ видовете микроорганизми в нея. Анализът беше извършен във фирма Диал ООД.

Успешната детекция и характеризиране на микробната 16S рДНК в природни проби изисква екстракция на високомолекулна ДНК и адекватното й освобождаване от замърсители като някои органични киселини и йони, които инхибират следващия етап на амплификация.

Процедурата по изолация на тотална ДНК включваше филтриране на водата, третиране на филтъра с лизисен разтвор, по-нататъшна обработка с РНК-аза, протеаза и пречистване на ДНК. В резултат на изпълнението на този етап успешно беше изолирана високо молекулна тотална ДНК.
По Дейност 4, Амплификация на 16S рРНК ген и начало на конструирането на клонови библиотеки

А, Амплификация на 16S рРНК ген

Използването на 16S рРНК ген като маркерен ген за характеризиране на биоразнообразието позволява да се характеризира структурата на микробните съобщества в природата и се достигне до истинското разнообразие от биологични видове. Археалните ДНК-и бяха амплифицирани с универсалните за Археа праймери 21F и 958R. PCR продукт беше наблюдаван в две проби, Власа и Сапарева баня. В пробата от Мизинка продукт не беше наблюдаван.

Амплифицираните археални гени за 16S рРНК бяха лигирани във вектор и плазмидът беше трансформиран в компетентни клетки. Бяха отбрани повече от 200 клона и тествани за коректност на инсерта.

Разнообразието сред клоновете в библиотеката беше качествено оценено чрез АRDRA анализ (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis). За установяване полиморфизъм между клонираните коректни 16S рРНК-гени, те бяха подложени на последователна рестрикция с два 4-базови ензима – MspI и HaeIII.

Въз основа на разнообразието в профилите, получени след рестрикция на 16S рДНК, 28 коректни клона бяха отнесени към 14 групи.

Г, Секвениране

По един представител от всяка рестрикционна група, общо 14 PCR продукта бяха изпратени за секвениране. Допълнително бяха изпратени за секвениране и шест археални клона от горещ извор в Левуново. Секвенирането беше проведено в южнокорейската фирма Макроген. Предстои анализ на получените резултати за изследваните 28 клона от библиотека Власа и шест от библиотека Левуново. В следващия етап ще бъдат амплифицирани гените на оставащите клонoве от библиотека Власа, ще бъдат групирани в групи съгласно рестрикционните им профили, секвенирани и анализирани. Въз основа на получените резултати ще се разкрие археалното разнообразие в проучвания извор Власа.

1. 
   Доц. Маргарита Камбурова
   
2. 
   Главен асистент Надя Радченкова
   
3. 
   Главен асистент Иванка Бояджиева
   
4. 
   Главен асистент Маргарита Стоилова-Дишева
   
5. 
   Главен асистент Димитрина Люцканова
   

13.01.2016 Изготвил отчета:

Доц. М. Камбурова Директор на ИмикБ:

Чл. Кор. Х. Найденски