2.4. Недостатъци на геотермалните инсталации - Геотермалните системи имат по-висока първоначална инвестиция, в сравнение с конвенционалните системи за отопление и охлаждане на сгради. - Системите с отворен кръг имат повече потенциални проблеми от тези със затворен, свързани с вкарване на външна вода в тръбите. Това би могло да доведе до натрупване на котлен камък/минерализация или запушване на тръбите. - Системите с отворен кръг изискват голямо количество чиста вода, за да бъдат рентабилни. Това до определена степен ограничава ползването им в близост до водоеми (морета, езера, реки, потоци). В допълнение, тези системи изискват внедряването на приемлив метод за връщане на отработената вода обратно в околната среда - това може да ограничи употребата на геотермалните системи, например поради липса на водоеми за изливане на отработената вода или някои местни закони и наредби. - Много от геотермалните системи със затворен кръг ползват антифриз, за да предотвратят замръзването на водата при ниски температури. Повечето антифриз разтвори имат определена токсичност и при авария представляват риск за околната среда и човека. В допълнение към това, някои антифриз разтвори повишават вискозитета на изпомпвания флуид, което намалява енергийната ефективност на геотермалната система. - Геотермални системи, ползващи охладител представляват риск за околната среда. Корозията на тръбите може да предизвика теч, който е трудно откриваем. Поради високата топлопроводимост трябва да се контролира температурата на охладителя в тръбите, за да не се замрази или изпече почвата около тръбите. - При по-студени климатични условия, може да се наложи инсталация на дублираща система за отопление в сградата по време на строежа. Това ще оскъпи допълнително инсталирането на геотермална инсталация.