Съгласно действащото комплексно разрешително, не са определени емисионни ограничения (норми) за смесения отпадъчен поток (производствени, битово-фекални и дъждовни води). Отпадъчните води формирани на територията на депото не се заустват във водни обекти или подземни води. Изградена е канализационна система, състояща се от:
Дренажна система за инфилтрат;
Площадкова канализация за технологични води.
Дренажната система се състои от централен колектор и дренажни жили, изградени от PVC тръби с диаметър 300 mm. и обща дължина 1620 м.
Тръбопроводите са перфорирани, с изключение на централния отвеждащ колектор и участъка между събирателната шахта и ретензионния басейн.
От ревизионните шахти се заустват единствено отпадъчни води (инфилтрат) формирани в тялото на депото. В конструктивно отношение, шахтите са изградени от стоманобетонови пръстени с диаметър 1000 мм., нарастващи във височина, паралелно с нарастване на отпадъчното тяло. Осигурена е защита от постъпване на отпадъци в ревизионните шахти, чрез поставяне на капаци. Основното предназначение на ревизионните шахти е свързано със събиране и ревизия на продуцирания инфилтрат от отпадъчното тяло, с цел равномерното му включване (заустване) в отвеждащия колектор и ретензионния басейн, посредством събирателната шахта. В обема на I и II клетка са изградени общо 34 ревизионни шахти.
Ретензионният басейн е с вместимост 223 куб.м, като при оразмеряването му е предвидено, същият да обслужва цялата площ на клетките за обезвреждане на отпадъците.
Съгласно концепцията на проекта, типът на ретензионния басейн е затворен, без аварийни изпускатели. В този случай отпадъчните води се връщат отново върху откритите части на депото в оборотен цикъл.
Технологичните отпадъчни води са включени в обхвата на площадковата канализация. Същата разглежда диференцираното управление (третиране), както на битовите така и на отпадъчните води с произход от площадките за дезинфекция на ходовата част на специализираната транспортна техника, и водите от зоната на електронната автовезна.
В изпълнение на условие 10.1.2.1.1. от КР, експлоатацията на септична яма с попивен кладенец е преустановена в края на 2008 г., като терена е рекултивиран. Съгласно експлоатационният план и условие 10.1.2.3. от КР инфилтрата, формиран в полезния обем на депото се използва в оборотен цикъл за оросяване на отпадъчното тяло.