В Стандартния формуляр на защитената зона BG 0001014 “Карлуково” като обекти на защита са включени следните природни местообитания от Приложение І на Директива 92/43/EEC
91E0 * Алувиални гори с Alnus glutinosa и Fraxinus excelsior (Alno-Pandion, Alnion incanae,Salicion albae)
3140 Твърди олиготрофни до мезотрофни води с бентосни формации от Chara
6110 * Отворени калцифилни или базифилни тревни съобщества от Alysso-Sedion albi
6210 Полуестествени сухи тревни и храстови съобщества върху варовик(Festuco-Brometalia) (*важни местообитания на орхидеи)
6240 * Субпанонски степни тревни съобщества
7220 * Извори с твърда вода с туфести формации (Cratoneurion)
8210 Хазмофитна растителност по варовикови скални склонове
8310 Неблагоустроени пещери
40A0 * Субконтинентални пери-панонски храстови съобщества
91F0 Крайречни смесени гори от Quercus robur, Ulmus laevis и Fraxinus excelsior или Fraxinus angustifolia покрай големи реки (Ulmenion minoris)
91G0 * Панонски гори с Quercus petraea и Carpinus betulus
91H0 * Панонски гори с Quercus pubescens
91I0 * Евро-сибирски степни гори с Quercus spp.
91M0 Балкано-панонски церово-горунови гори
91Z0 Мизийски гори от сребролистна липа
В стандартният формуляр като обект на опазване е включен един растителен вид от Приложение ІІ на Закона за биологичното разнообразие.
2327 Обикновена пърчовка (Himantoglossum caprinum) - Видът е рядък, типичен. Относителния размер на плътността на популацията в обекта, в сравнение с тези на националната популация е между 15% >= p > 2%, степента на опазване е добра , не е изолирана. Цялостната оценка на стойността на обекта за опазването на вида е определена като „добра“.
