В НП "Рила" са се запазили кътове и местообитания на засташени и редки видове. В границите на парка са описани около 1 400 висши растения, някои от които с първостепенно научно значение. В Червената книга на България са включени като застрашени и редки около 75 растителни вида - рилска иглика, жълта тинтява, български омайник и др., а 11 растителни вида са включени в Списъка на редките, застрашени и ендемични растения в Европа. Рилските гори са главно иглолистни, но има също и букови и елово - букови. Иглолистните започват от 1 400 - 1 500 м, а някъде и по-ниско. Това е белият бор, смърчът, елата и бялата мура. Над тях е разположен субалпийски пояс, зает предимно от клек и сибирска хвойна. Над 2 300 м се простират алпийските ливади и пасища, в които се срещат около 300 вида висши растения. Резерватът "Парангалица" пази смърчови и елови гори със 150 - 350 годишна възраст и най-големите популации на рилска иглика, която по своето еволюционно положение няма родственици на Балканския полуостров. Историческите й връзки ни отвеждат далеч на югоизток - чак в Китай. През юли и август, по северните склонове на връх Белмекен, розовеят съцветията на алпийската роза - един от малкото видове с вечнозелени листа във високата планина.