Автограф А. Зиновьева (1995)

Положительно Зиновьев отзывался и о Владимире Путине, связывал с ним большие надежды, считая его приход к власти первым шансом страны после 1985 года выйти из тупика и оказать сопротивление западнизации и колонизации. Впрочем, довольно быстро пересмотрел оптимистические оценки, в конце 2000 года отмечая, что Россия продолжает сдавать позиции, хотя и не причислял Путина к «предателям». В 2002 году писал, что Путин, имея народную поддержку, не воспользовался историческим шансом, отказавшись от пересмотра результатов приватизации и от национализации финансов и энергетики; Зиновьев заключал, что историческая роль Путина состояла в легитимизации последствий ельцинского переворота. В 2006 году незадолго до смерти констатировал, что России как суверенного государства и единого целого больше нет, страна представляет имитацию («кажущность»), искусственное непрочное образование, связываемое топливно-энергетическим комплексом: «Россия как могучая энергетическая держава — это идеологический миф российской бесперспективности. Само сужение экономического прогресса до „трубы“ есть показатель исторической обречённости».

По возвращении продолжал активную писательскую работу и публичную деятельность: редактировал издания своих книг, комментировал политические события, выступал на круглых столах, конференциях, давал интервью в различных изданиях, от «Завтра» до «Комсомольской правды». В 2000 году в издательстве «Центрполиграф» вышло 5 томов собрания сочинений; режиссёр Виктор Васильев снял документальный фильм «Я — суверенное государство», не вышедший на экраны. В 2002 году к юбилею Зиновьева под эгидой философского факультета МГУ была издана антология «Феномен Зиновьева». Последним его романом стала «Русская трагедия» (2002). Вокруг Зиновьева начали собираться ученики, возник семинар. По предложению ректора Московского гуманитарного университета Игоря Ильинского была организована «Школа А. А. Зиновьева», где тот читал курс «логической социологии», обнародованный в интернете и опубликованный как пособие. Учениками был создан сайт «Zinoviev.ru».

В последние годы Зиновьев был убеждён, что защищает сторону проигравших, что Россия обречена. Он так и не присоединился ни к какому движению, хотя его пытались вовлечь в свои ряды националисты. Сохранял радикальную риторику, отдавая отчёт в безразличии и оппортунизме большинства населения; придавал значение любому протесту и сопротивлению, выступая, например, в поддержку Э. Лимонова. Увлёкся антинаучной теорией Анатолия Фоменко, написал предисловие к его книге. Новая хронология была созвучна мыслям Зиновьева о современной фальсификации советской истории, ему импонировала её дерзновенность и неординарность. По мнению Максима Кантора, своеобразное пророческое тщеславие привело Зиновьева к крайней неразборчивости. Он хотел быть услышанным, стремился использовать любую трибуну и аудиторию, любые средства и союзников, включая «безумную теорию» Фоменко. М. Кантор так описывает противоречивость Зиновьева:

Он боролся до конца за самое главное, что делает жизнь достойной, — за свободу. И если он выбрал такое средство — вероятно, здесь тоже была странная логика. Он знал: никого рядом нет, он не надеялся ни на что. Вот есть хитрющий патриот, расплывается в масляной улыбке, мелькают какие-то деятели из администрации президента, какие-то парламентарии жмут руки. Других нет, надеяться не на что. Но драться надо. Его вдруг охватывал энтузиазм: «Издам журнал „Точки роста“ — вот отсюда возродится Россия!» А потом опускал руки: какая Россия? Вот это ворьё?

Александр Зиновьев скончался 10 мая 2006 года от опухоли мозга. По словам М. Кантора, в последнем разговоре он обсуждал дегуманизацию европейской культуры, утверждая, что только возрождение гуманизма может спасти Россию[100]. Согласно завещанию, был кремирован, пепел был развеян с вертолёта над районом Чухломы, где родился и вырос Зиновьев, на этом месте был установлен валун. В память о заслугах перед российской культурой на Новодевичьем кладбище в Москве была сооружена символическая могила-кенотаф. Посмертно Зиновьеву было присвоено звание «Почётный гражданин Костромской области». В 2009 году памятник Зиновьеву был установлен в Костроме, на территории Костромского государственного университета имени Н. А. Некрасова (скульптор А. Ковальчук). В 2016 году накануне 95-летия Зиновьева в его честь был назван новый вид бабочек — «Веерокрылка Зиновьева» (Alucita zinovievi).

Могила-кенотаф Зиновьева на Новодевичьем кладбище Москвы