Возвращение в Россию и последние годы

С середины 1990-х годов Зиновьев стал чаще бывать на родине, у него появились сторонники и последователи, с которыми он охотно общался. В 1996 году признавался, что во «враждебную» к нему Россию возвращаться не собирается, несмотря на издание его книг («Смута», «Русский эксперимент» и др.). Считал, что его «бойкотируют» в России, как, впрочем, и на Западе, где публиковаться удавалось с трудом. Тем не менее во Франции в издательстве «Plon» в 1996 году вышел «Запад», два года спустя в Италии стал бестселлером «Глобальный человейник». Как пишет П. Фокин, переломным моментом стала осень 1997 года, когда он несколько раз посетил Россию. Зиновьев представлял «Глобальный человейник» в Москве, провёл ряд встреч с Сергеем Бабуриным, Николаем Рыжковым и Геннадием Зюгановым. За лидера коммунистов Зиновьев призывал голосовать на президентских выборах 1996 года, считая КПРФ одной из немногих позитивных политических сил в стране, хотя его позиции были более радикальными, чем у парламентской коммунистической оппозиции. 75-летний юбилей Зиновьева отметили в Президиуме Академии наук и в Институте философии; он посетил родную Костромскую область, а в 1998 году совершил ряд поездок по России и СНГ. 30 июня 1999 года семья Зиновьевых вернулась в Москву. Через несколько дней его приняли на должность профессора МГУ (кафедра этики на философском факультете) и Литературного института им. Горького. В конце года по предложению Бабурина согласился участвовать в думских выборах по списку Российского общенародного союза, но не был зарегистрирован.

На решение вернуться повлияли и бомбардировки Югославии, которые Зиновьев неоднократно осуждал. Считал, что война на Балканах ведётся против Европы, означает её деградацию и знаменует приход нового, постдемократического и посткоммунистического тоталитаризма. В последнем западном интервью «Почему я возвращаюсь в Россию», опубликованном в «Le Monde», Зиновьев констатировал катастрофические изменения на Западе и в России, капитуляцию Европы перед американизацией и глобализацией, её предательство своих идеалов (демократия, свобода слова, нравственные ценности и т. д.). Заявил, что, возвращаясь в Россию, остаётся приверженцем подлинных европейских ценностей. Слободан Милошевич (с ним философ познакомился в 1999 году), как и Муаммар Каддафи, символизировал для Зиновьева вызов и сопротивление глобализации, неподчинение Америке, вызывал его восхищение и уважение.