Во 2-м режиме метод БРТ реализован через технологию мультичастотной синхронизации (МЧС). Поэтому воздействие на организм происходит не только через сеть кровеносных сосудов, нервных волокон, биологически активные точки на поверхности кожи, но и через водный матрикс и на клеточном и внутриклеточном уровнях. В результате, эффективность БРТ существенно возрастает. Благодаря одновременной работе в приборе трех излучателей, корректирующие частоты поступают в организм на трех уровнях, входя в резонанс со структурами организма, сообщая им здоровые частоты колебаний и стимулируя организм работать на самовосстановление.
Через технологии МЧС в аппарате реализованы методы коррекции психосоматических патологий и транскраниальной стимуляции. Данные методики используются в комплексах для 4-го режима воздействия. Метод структурно-резонансной терапии реализован через технологии МЧС во 2-м, 3-м и 4-м режимах (смотри информационное пособие «Теоретические основы МЧС»).
В режиме 3 происходит влияние на базальные ритмы организма. Базальные ритмы - первоначальные, базовые, глубинные ритмы человека, выработавшиеся в ходе эволюции. В состоянии здоровья они четко определены и синхронизированы друг с другом. Благодаря фрактальной взаимосвязи между частотами модуляции, достигается восстановление базальных ритмов и взаимосинхронизация этих ритмов на всех функционально-иерархических уровнях организма, возвращая состояние здоровья. Комплексы для режима 3 используются в качестве монокоррекции при любых отклонениях в работе организма и для предупреждения болезней.Так же применяются совместно с комплексами 1-го или 2-го режимов.
В режиме 4, основываясь на различии физических параметров отдельных участков мозга, оказывается выборочное воздействие несколькими частотами модуляции, соотношение которых скоррелировано с мозговыми ритмами. Осуществляется многоканальное воздействие на организм по тому же принципу, что использует сам мозг для поддержания гомеостаза. Стимулируются глубинные, древнейшие структуры головного мозга человека, отвечающие за управление резервными и скрытыми возможностями организма.