Карьерный взлёт: наука и преподавание (1955—1968)

Зиновьев постепенно охладел к логическому кружку, где на роль лидера выдвинулся Щедровицкий. У Зиновьева были собственные амбиции, его не устраивала «колхозная» и «партийная» модель кружка (П. Фокин). В 1955 году он получил должность младшего научного сотрудника в Институте философии Академии наук СССР (сектор диалектического материализма), где чувствовал себя комфортно. Институт был в первую очередь идеологическим учреждением с жёсткими порядками, но некоторое возрождение (по характеристике В. Лекторского) философской мысли в 1950-е годы давало возможность заниматься наукой, в том числе и в области логики, что признавал и Зиновьев. Во второй половине 1950-х годов происходило становление логической науки, выходили учебники, сборники, коллективные монографии, проходили методологические семинары. Зиновьев активно включился в научную работу, но первые статьи отклонили на заседаниях сектора, что, по предположению П. Фокина, было отголоском истории с Ильенковым, который тогда подвергался гонениям. Соратники по кружку (Мамардашвили и др.) считали выбор математической логики в качестве академической карьеры уходом от борьбы в сторону защищённости и благополучия; ученик Зиновьева Юрий Солодухин обращал внимание на его разочарование в спекулятивном характере марксизма.

Первые публикации состоялись в 1957 году, год спустя одна из статей вышла на чешском языке. За пятнадцать лет (1960—1975) Зиновьев опубликовал ряд монографий и множество статей по неклассической логике. Академическая карьера стремительно развивалась: в 1960 году Зиновьев стал старшим научным сотрудником, в ноябре 1962 года единогласным решением Учёного совета ИФ РАН получил степень доктора наук за исследование «Логика высказываний и теория вывода», оппонентами на защите были В. Асмус, Софья Яновская и И. Нарский. В 1958—1960 годах читал спецкурс «Философские проблемы естествознания» в МФТИ, с 1961 года — спецкурс в МГУ (факультет философии). В 1966 году получил звание профессора, в 1967—1968 годах по совместительству заведовал кафедрой логики философского факультета МГУ. В 1968 году вошёл в редколлегию журнала «Вопросы философии», год спустя — в состав Учёного совета по проблемам диалектического материализма ИФ АН СССР. К середине 1970-х годов его работы были изданы на английском, немецком, итальянском и польском языках. Зиновьев занимался логикой не просто как научной дисциплиной, а пересматривал её основания в рамках создания новой области интеллектуальной деятельности. По мнению К. Крылова, он переживал временную стадию создания «общей теории всего», которая, впрочем, у него быстро прошла. Отмечается, что в логических исследованиях Зиновьев явно был тщеславен, что приводило к неосмотрительным шагам и конфузам: он, например, настойчиво публиковал доказательство недоказуемости теоремы Ферма в рамках выстроенной им логической системы.

В МГУ у Зиновьева сложилась группа последователей из отечественных и зарубежных студентов и аспирантов. Слушатели вспоминали, что Зиновьев впечатлял эрудицией, его занятия были не «лекциями по бумажке», а импровизациями на заданную тему, предлагавшими системное видение проблемы, динамичным творческим поиском. По воспоминаниям обучавшегося в МФТИ физика Петра Барашева, Зиновьев заставлял читать оригиналы первоисточников, оценивать каждый использованный текст, искать не только сильные, но и слабые стороны научных работ. Он довольно резко и эмоционально критиковал предшественников и оппонентов, но тепло относился к студентам, рассматривая их как единомышленников, общался неформально, водил их на выставки, в кино, в кафе. Слушатель Зиновьева Валерий Родос вспоминал:

Он не договаривал до точки практически ни одной фразы. Его мысль неслась с такой скоростью, что слова не поспевали… Для лектора это недопустимо… Слово в слово записал лекцию, домой пришёл — никогда сам не разберёшься. Предикатов нет. Того, что говорится, что об этом сказывается.

Успешная карьера омрачалась тем обстоятельством, что Зиновьев по факту был «невыездным», хотя учёного неоднократно приглашали на зарубежные мероприятия. Его кандидатуру для международных поездок обычно заворачивали на разных стадиях, начиная с 1961 года, когда ему не дали визу в Польшу. Научная работа не мешала наблюдать и анализировать социальную действительность, прежде всего на примере Института философии, а также заниматься этическими поисками, самоанализом и саморефлексией. В первой половине 1960-х годов он сформулировал этическую позицию о полной независимости своей личности от социума. Примерно к 1963 году удалось преодолеть алкогольную зависимость, которая продолжалась все послевоенные годы; в том же году развёлся. В 1965 году познакомился со стенографисткой Ольгой Сорокиной, которая была на 23 года младше, спустя четыре года они поженились. Ольга Мироновна на всю жизнь стала его верной соратницей; Зиновьев часто говорил о её неоценимой помощи и поддержке. В браке родились дочери Полина (1971) и Ксения (1990). В 1967 году Зиновьева не выпустили на международный конгресс по логике в Амстердаме, хотя он был включён в официальный состав советской делегации. Сказались давнее участие в философских «сборищах…, в которых он выступал с отрицательными взглядами по отдельным вопросам теории марксизма-ленинизма» (аналитическая записка КГБ) и контакты с американскими логиками в 1960 году, по версии КГБ работавших на американскую разведку. «Органы» ограничились беседой (Зиновьев настаивал, что общение с американцами имело исключительно профессиональные цели), окончившейся курьёзом: узнав, что он снимает комнату, ему предоставили однокомнатную квартиру на улице Вавилова. В начале 1970-х годов, совершив обмен, Зиновьевы переехали в четырёхкомнатную квартиру, у него появился собственный кабинет. Позднее Зиновьев заметил: «улучшение жилищных условий сыграло огромную роль в нарастании оппозиционных и бунтарских настроений в стране».