Звеното за вътрешен одит е организирано в отдел на пряко подчинение на директора на Агенцията и осъществява вътрешен одит по Закона за вътрешния одит в публичния сектор. Звеното за вътрешен одит:
планира, извършва и докладва своята дейност в съответствие с изискванията на Закона за вътрешния одит в публичния сектор, Стандартите за вътрешен одит, Етичния кодекс на вътрешните одитори, статута на отдела и утвърдената от министъра на финансите методология за вътрешен одит в публичния сектор;
дава на директора на Агенцията независима и обективна оценка за състоянието на финансовото управление и контрол на всички одитирани структури, програми, дейности и процеси в Агенцията, в т. ч. Спазването на принципите за законосъобразност, добро финансово управление и прозрачност;
Длъжностно лице по защита на личните данни ена пряко подчинение на директора на Агенция „Митници“ и осъществява дейности по законосъобразното прилагане на нормативните актове в областта на личните данни и в съответствие с Регламент 679/2016 на Европейския парламент и на Съвета от 27 април 2016 г. относно защитата на физическите лица във връзка с обработването на лични данни и относно свободното движение на такива данни.
Основната митническа дейност се организира, ръководи, контролира и отчита от 5 териториални дирекции. Териториалната дирекция е административно звено в структурата на Агенция „Митници“. Директорът на териториалната дирекция е третостепенен разпоредител с бюджет към министъра на финансите. Териториалната дирекция е структурирана в териториално управление и митнически бюра и/или митнически пунктове. Структурата и числеността на персонала в териториалното управление, в митническите бюра и в митническите пунктове се определят със заповед на директора на Агенция „Митници“.
Териториалното управление е организирано в обща и специализирана администрация. Общата и специализираната администрация в териториалното управление е структурирана в отдели.