Сеизмотектонски условия Районът на Железнишкия хорст e разположен в eднaoт нaй-сеизмичноактивните области от тази част на Балканския полуостров. Тунелът Железница попада в Кресненската сеизмична зона, като пресича основните активни структури, които са генерирали силни земетресения. Тази зона е известна с най-силното земетресение в Европа през последните 200 години (на04.04.1904г.)с магнитуд М=7,5 според изчисленията в Пасадена (САЩ).Съществуват и данни за възможни две последователни събития с магнитуди, съответно 7,2 и 7,8. Вероятно хипоцентрите на главните събития, както и афтершоковата серия през следващите две години, са били свързани с регионалния и много активен съвременен Крупнишки разлом (Shanov, Dobrev, 2000).
Съвременните сеизмотектонски условия в зоната на тунела се определят основно от два разлома, определящи се като активни – Падешки разлом и Крупнишки разлом.
Падешкият разлом пресича трасето на магистрала „Струма” северно от тунел Железница. Той формира добре изразен съставен разломен откос с височина до 270 m. Посоката е N 50°. Разломът затъва на СЗ. Той е ясно изразен като структура в гравитационното поле. Съвременната сеизмичност е концентрирана в блока, ограничен от Падешкия разлом и Крупнишкия разлом. Разломът контролира неогенската, вкл. плейстоценската и холоценската седиментация в понижения СЗ блок. Стратиграфският интервал на басейните предполага неотектонска и съвременна активност на разлома. Изследванията на (Шанов, Добрев и др., 2009) показват, че разломът е активен, като въз основа на установените амплитуди на преместване при едно събитие, очакваното максимално земетресение ще бъде с магнитуд Ms > 7.
Крупнишкият разлом пресича трасето на магистрала „Струма”, точно пред северния вход на тунела. Той е система от разломни сегменти с преобладаващо направление СИ-ЮЗ (N 50-60°), затъващ с ъгъл 50-62° на СЗ (Vrablianski, 1974). Сеизмотектонските изследвания по дължината на разлома не позволяват да се съди за магнитудите на силните земетресения, които могат да се генерират от Крупнишкия разлом. Преместванията по него, обаче, красноречиво показват, че магнитуди над 7,0 могат да се генерират, което и става през 1904 г.