И за да съм още по-точен, трябва да имате предвид, че герданчето от аминокиселини, което оформя „гръбнака" на протеина в клетките, е далеч по-гъвкаво от мънистеното герданче, което то се къса много лесно, ако го огъвате прекалено. Структурата и поведението на скачените аминокиселини в протеиновите стълбчета повече приличат на
тези на гръбнак на змия, както е показано на следващата снимка (©Уорън Джейкъби/Корбис). Змийският гръбнак, съставен от огромен брой компоненти - прешлени, дава възможност на змията да се извива в най-разнообразни форми, тя може и да се изпъне като пръчка, и да се свие „на кълбо".
Гъвкавите връзки
(пептидни връзки) между аминокиселините в протеиновата нишка дават възможност на всеки протеин да приема множество форми. Чрез въртенето и огъването на своите аминокиселинни „прешлени" протеиновите молекули наподобяват нано-змии заради умението си да се гърчат и вият. Има два главни фактора, които определят контура на протеиновата нишка, и следователно - неговата форма.
Единият е физическият модел, който се определя според последователността на различно оформените аминокиселини, съставящи герданоподобния гръбнак.
За разлика от еднаквите мъниста, всяка от двадесетте аминокиселини в протеиновата нишка има уникална форма (устройство). Обърнете внимание на разликите между „гръбнак", направен от мъниста с идентична форма, и сглобеният от различни по големина тръбички, изобразени на горната снимка. Вторият фактор засяга взаимодействието между електромагнитните заряди на свързаните аминокиселини. Повечето от тях имат или положителен, или отрицателен заряд, заради което действат като магнити:
еднаквите заряди карат молекулите да се отблъскват, а
противоположните - да се привличат. Както е показано на следващата снимка, гъвкавият гръбнак на протеина спонтанно приема предпочитаната форма, когато аминокиселините се въртят и огъват връзките помежду си, за
да балансират силите, генерирани от техните положителни и отрицателни заряди.
Протеиновите гръбначета, показани в А и В, имат абсолютно еднаква последователност на аминокиселините (сглобките на тръбите), но имат напълно различна конфигурация. Вариациите във формата на гръбнака са в резултат на различни ротации при свързването между съседните тръбички. Както при връзките между тръбите, различно оформените аминокиселини в протеина също се въртят около свръзките си (пептидните връзки) и по този начин позволяват на гръбнака да се извива като змия. Протеините сменят формата си, въпреки че като цяло предпочитат две или три определени конфигурации. Но коя от тях, А или В, ще предпочете нашият хипотетичен протеин? Отговорът е свързан с факта, че двете крайни аминокиселини (тръби) имат сектори с негативен заряд. Тъй като еднаквите заряди се отблъскват, колкото по-далеч са едни от други, толкова по стабилна ще е конфигурацията. Конфигурация А ще бъде предпочетена, защото негативните заряди са по-далеч един от друг, отколкото в В. Гръбнакът на някои протеинови молекули е толкова дълъг, че те се нуждаят от подкрепата на специални протеини „помощници", тези от първа глава, за да помагат при процеса на прегъване.
Неправилно огънатите протеини - също като хората с гръбначни дефекти - не могат да функционират оптимално. Такива протеини с отклонения се маркират от клетката
като подлежащи на унищожение; аминокиселините в техния гръбнак се демонтират и се рециклират при синтеза на нови протеини.
Сподели с приятели: