С цел да бъдат решени някои от проблемите около фосилите на питекантропа и тяхното откриване, започнала подготовка за мащабни разкопки на о. Ява. Организатор на експедицията бил Емил Селенка - професор по зоология в университета в Мюнхен, - но той починал преди заминаването. Усилията му били продължени от неговата съпруга - проф. Леноре Селенка - която поела ръководството на разкопките, състояли се през 1907-1908 г. В търсенето на още фосили от питекантропа били ангажирани 75 работника. Екипът от геолози и палеонтолози изпратил в Европа всичко 43 сандъка с фосили, сред които, обаче, нямало нито една кост на Pithecanthropus. Нещо повече - експедицията намерила в пластовете при Тринил следи от човешко обитаване - разтрошени животински кости, въглени и огнища. Тези находки довели Леноре Селенка до заключението, че човекът и Pithecanthropus erectus са съществували по едно и също време. Материалите не донесли нищо, което да подкрепи ево-люционисткото тълкуване на находките на Дюбоа.
Освен това през 1924 г. Джордж Грант Маккърди - професор по антропология в Йейл - написал, в книгата си „Произходът на човека", следното: „Експедицията на Селенка от 1907-1908 г... открила зъб, за който Валкоф твърди, че е напълно човешки. Зъбът - трети молар (кътник) — бил открит в леглото на съседен поток в пластове, които били по-древни (от плиоцена) от тези, в които бил открит Pithecantropus erectus."
Дюбоа напуска битката
Междувременно статусът на първобитния човек на Дюбоа си оставал спорен. В прегледа на възгледите за питекантропа, направен от берлинския зоолог Вилхелм Дамес, са събрани мненията на няколко учени: трима го смятали за човекоподобна маймуна, петима - за човек, шестима - за примитивен човек, също шестима - за „липсващото звено", двама - за връзка между „липсващото звено" и човека.
Докато мнозина учени продължавали да хранят съмнения, други следвали Хекел и продължавали да прославят Явайския човека като последното доказателство за теорията на Дарвин. Неколцина го използвали като довод за дискредитиране на данните за съществуването на хора през терциера. Както видяхме в пета глава, У. X. Холмс отхвърлил каменните сечива, открити в златоносните пластове на Калифорния, тъй като „те предполагат съществуването на човешка раса, която да е поне един път и половина по древна от Pithecanthropus erectus на Дюбоа, който пък може да се разглежда единствено като някаква зачатъчна форма на човешко същество".
В един момент Дюбоа напълно се разочаровал от смесените отзиви на научната общност. Той престанал да показва находките си. Според някои известно време той ги крил в къщата си - под дъските на пода. При всички случаи те изчезнали за един период от 25 години - до 1932 г.
Споровете продължили и по време на, и след периода на отдръпване на Дюбоа. Марселин Бул — директор на Института по човешка палеонтология в Париж - съобщил, подобно на други учени, че пластът, в който били открити черепният свод и бедрената кост от питекантропа, съдържал многобройни останки от риби, влечуги и бозайници. При това положение защо въобще трябвало да се вярва на това, че фрагментът от череп и бедрена кост са принадлежали на един индивид, или дори на един вид? Подобно на Вирхов, Бул заявил, че бедрената кост е идентична с тази на съвременен човек, докато черепът приличал на маймунски - може би от голям гибон. През 1941 г. д-р Ф. Вайденрайх - директор на Неозойската изследователска лаборатория към Обединения медицински колеж в Пекин — също подкрепил мнението, че няма причина двете кости да се приписват на един и същ индивид. Бедрената кост, заключил Вайденрайх, била много подобна на напълно човешка, а първоначалното й място в пластовете не било установено със сигурност. В наши дни изследователите са прилагали към черепа от питекантропа и към бедрената кост модерни химични техники за датиране, които да покажат дали костите са съвременни на средноплейстоценската фауна от Тринил. Няма получени категорични резултати.