липса на единомислие по отношение на методите и подходите за постигане целите на реформата;
динамичният и в голяма степен непредсказуем политически фактор, оказващ влияние върху националната икономика, главно в периода 1989 г. – 1997 г.;
неспокойната, взривоопасна и непрогнозируема на моменти политическа обстановка на Балканите, станала причина за значителен отлив на стратегически важни за каузата на структурната реформа инвеститори в периода 1997 г. – 2001 г.;
липсата на качествен и адекватен управленски подход при провеждането на структурната реформа. Основни аргументи за целта са: липсата на национално координационно звено за целите на реформата; взимане на изключително важни стратегически решения при ограничена информационна база; механизмът за избор на персонал за разработване на стратегиите, тактиките и програмите, организирането на тяхното изпълнение, както и оценката за степента на реализация на заложените в тях цели е извършван в повечето случаи при липсата на ясни критерии за целта, основани на професионализма и подготвеността на кадрите; от научна гледна точка са подценени всички управленски функции и тяхното влияние върху процеса на реформите в националната икономика. Посочените обстоятелства не позволиха на субектите на реформата да извършват перманентен контрол върху резултатите от провежданите преструктуриращи действия и своевременното им сравняване с прогнозните такива. Този феномен създаде допълнителна благоприятна среда за продължаване тенденцията на вземане и изпълняване на несъвместими, неизпълними и неприемливи решения. Подценяването на научните управленски подходи при управлението на преструктуриращите процеси не позволи изграждането на адекватна организационна структура за целите на реформата;
липсата на прозрачност и гласност при вземането на решенията и провеждането на реформите доведе до демотивация на човешкия ресурс;
нецелесъобразното и неефикасно използване на научния потенциал на нацията в процесите на планиране, практическо реализиране и анализ на резултатите от реформите доведе до пълно разграничаване на научното начало от действителността при провеждането на преструктуриращите действия;
В процесите на планиране и прогнозиране на етапите, дейностите и резултатите от структурната реформа не са оценени напълно народопсихологията, социалния статус на населението и пределно- допустимата социална цена на прехода;